Para incluir uma filial ao seu cadastro é fácil.
Basta enviar um e-mail para suporte.conciliacao@picpay.com informando o CNPJ da filial que pretende cadastrar e solicitando a habilitação pra receber os arquivos para conciliação.
Caso sejam diversas filiais, não tem problema, é só mandar a lista com os CNPJ na solicitação.